Через три дня после Единого дня голосования 2016 года, 22 сентября Федеральный политический комитет «Яблока» провёл внеочередное заседание, на котором была дана политическая оценка официальным результатам выборов в Государственную Думу РФ. Политическое руководство «Яблока» заявило о непризнании проведённых 18 сентября выборов честными и легитимными. Сформированная в результате Дума не представляет российское общество, не является органом народного представительства.
Одновременно в тот же вечер в Центральной избирательной комиссии РФ была в экстренном режиме рассмотрена и отклонена итоговая жалоба партии о выявленных на выборах нарушениях.
Через несколько часов, в ночь на 23 сентября, ЦИК собрался на итоговое заседание для объявления окончательных результатов выборов. Из всех лидеров партий на заседании присутствовала только председатель «Яблока» Эмилия Слабунова. Она публично объявила Комиссии и обществу, что партия не считает Государственную Думу РФ VII созыва легитимной. Ни одна другая партия или политическая сила негативной оценки выборам и сформированному парламенту не высказала.
Обрыв — так охарактеризовал ситуацию после выборов в своей статье Григорий Явлинский.
Согласно итоговому протоколу ЦИК, за «Яблоко» свой голос отдали 1 051 355 граждан — 1,99% от общего числа проголосовавших. Среди регионов России самый большой процент у «Яблока» в Москве и Санкт-Петербурге - 9,5% и 8,5% соответственно. В ряде одномандатных округов двух столиц кандидаты от партии показали высокие результаты. Кроме того, партия сформировала фракции в региональных парламентах Санкт-Петербурга, Республики Карелия и Псковской области. «Яблоко» получило представительство в двух городских собраниях столиц регионов — Перми и Калининграде, а также в подмосковных Химках, Лобне и Звенигороде.
По результатам выборов председатель «Яблока» Эмилия Слабунова подчеркнула, что партия нуждается не в реформе, а в последовательной и усиленной работе по ряду значимых направлений.
